묵주기도 방식은 여러 가지이며, 1569년 교황 성 비오 5세(1566~1572)는 묵주기도의 방식과 구성을 표준화시키는데 노력하였다. 묵주기도는 언어의 기도인 염경기도와 무언의 기도인 묵상기도로 구성되어 있다. 즉 성모송 열 번과 주의 기도 및 영광송 각 한 번이 모여 한 단을 이루고 그 한 단이 모여 5단 또는 15단이 된다. 묵상기도의 내용은 구원의 역사로서, 이를 환희 ? 고통 ? 영광의 신비로 구분하는데, 각 신비는 5개의 묵상주제로 이루어졌으므로 모두 15개의 주제가 된다. 그리고 염경기도 15단을 드릴 때 각 단마다 15개의 주제 중 한 주제를 묵상하도록 하였다.

교황 요한 바오로 2세는 2002년 10월 16일에 발표한 교서 「동정 마리아의 묵주기도」(Rosarium Virginis Mariae)에서 환희의 신비와 고통의 신비, 영광의 신비로 이루어진 전통적인 묵주기도에 예수 그리스도의 공생활의 다섯 가지 신비를 묵상하는 ‘빛의 신비’를 추가하고, 빛의 신비를 환희의 신비와 고통의 신비 사이에 바칠 것을 당부하였다.

교황 요한 바오로 2세의 권고에 따라 월요일은 환희의 신비를, 화요일에는 고통의 신비를, 수요일에는 영광의 신비를 바치는 것은 종전과 같지만, 목요일에는 빛의 신비를, 금요일은 고통의 신비를, 토요일에는 환희의 신비를, 그리고 주일에는 영광의 신비를 바치는 것으로 바뀌었다. 목요일에 빛의 신비를 바치는 것은 성 목요일이 예수님께서 성체성사를 세우신 것을 기념하는 날이고, 빛의 신비 제5단이 바로 이 신비를 묵상하는 것이기 때문이다. 또 토요일에 환희의 신비를 바치는 것은 전통적으로 토요일이 성모님 신심과 관계되는 날이기 때문이다.

[묵주기도 방법]
1. 먼저 묵주의 십자가를 잡고 성호경을 한 다음,
십자가의 발 부분에 친구(입을 맞춤)하고 사도신경을 바칩니다.
2. 다음 묵주알에서는 주님의 기도를 바칩니다.
3. 세 개의 알을 넘기며 각각 성모송을 합니다.
4. 다음 묵주알을 잡고는 (머리를 숙이며) 영광송을 한 후, 구원의 기도를 드립니다.
5. 묵상 주제인 환희의 신비, 고통의 신비, 영광의 신비, 빛의 신비 중에서 하나를 택하여 순서대로 묵주기도를 해 나갑니다.
6. 5단까지 다 끝나면 성모 찬송을 바치고 마침 성호경을 합니다.

환희의 신비(월요일, 토요일)
1단- 마리아께서 예수님을 잉태하심을 묵상합시다.
2단- 마리아께서 엘리사벳을 찾아보심을 묵상합시다.
3단- 마리아께서 예수님을 낳으심을 묵상합시다.
4단- 마리아께서 예수님을 성전에 바치심을 묵상합시다.
5단- 마리아께서 잃으셨던 예수님을 성전에서 찾으심을 묵상합시다.

고통의 신비(화요일, 금요일)
1단- 예수님께서 우리를 위하여 피땀 흘리심을 묵상합시다.
2단- 예수님께서 우리를 위하여 매맞으심을 묵상합시다.
3단- 예수님께서 우리를 위하여 가시관 쓰심을 묵상합시다.
4단- 예수님께서 우리를 위하여 십자가 지심을 묵상합시다.
5단- 예수님께서 우리를 위하여 십자가에 못박혀 돌아가심을 묵상합시다.

영광의 신비(수요일, 주일)
1단- 예수님께서 부활하심을 묵상합시다.
2단- 예수님께서 승천하심을 묵상합시다.
3단- 예수님께서 성령을 보내심을 묵상합시다.
4단- 예수님께서 마리아를 하늘에 불러 올리심을 묵상합시다.
5단- 예수님께서 마리아께 천상 모후의 관을 씌우심을 묵상합시다.

빛의 신비(목요일)
1단- 예수님께서 세례 받으심을 묵상합시다.
2단- 예수님께서 카나에서 첫 기적을 행하심을 묵상합시다.
3단- 예수님께서 하느님 나라를 선포하심을 묵상합시다.
4단- 예수님께서 거룩하게 변모하심을 묵상합시다.
5단- 예수님께서 성체성사를 세우심을 묵상합시다.